L’essentiel des eaux des deux rivières qui alimentent la mer d’Aral ,le Amu Dar’Ya et le Syr Dar ‘Ya , a été diverti de leur cours à partir des années soixante pour irriguer 7 millions d’hectares de champs de coton( et dans une moindre mesure, de riz), ce qui correspond à une superficie égale à celle de l’Irlande.
Un canal de 1100 kilomètres de long (canal Karakum) a été construit pour amener l’eau vers le Turkménistan voisin. Avant 1960, l’apport d’eau dans la mer d’Aral était de 55 milliards de mètres cubes d’eau par an. Dans les années 90, l’apport d’eau était au plus à un dixième de sa valeur initiale, lorsqu’il n’était pas réduit à néant pendant les périodes de sécheresse. Entre 30 et 45 % de l’eau divertie pour l’agriculture étaient gaspillé( par évaporation , pertes dans les canaux d’irrigation , mais aussi surirrigation des champs, qui recevaient jusqu’à 12 500 mètres cubes d’eau par hectare quand 3500 mètres cubes suffisaient , voir 2500 mètres cubes avec un choix judicieux des espèces de coton.
Peu après la construction du canal de Karakum, des fuites d’eau ont menacé d’inondation la capitale Achkhabad, la capitale du Turkménistan. Quasiment plus alimenté en eau, la mer d’Aral s’est rapidement asséchée par évaporation.
Les conséquences écologiques et humaines de l’assèchement de la mer d’Aral sont multiples.
Le climat local a changé, avec des températures plus élevées en été, des précipitations plus faibles pendant la saison humides et un raccourcissement de deux semaines de la saison de croissance du coton. La quantité de neige qui tombait sur les montagnes voisines, dont la fonte au printemps alimentait les fleuves se déversant dans la mer d’Aral a diminué.
Dans les années cinquante, 40 000 à 60 000 tonnes de poissons étaient extraites de la mer d’Aral annuellement .A partir des années 70, la population de poissons s’est effondré du fait de la salinité croissante des eaux, ce qui a contraint l’industrie de la pêche a abandonner ses activités.
Des dizaines de milliers d’emplois liées à la pêche ont été perdus. Vingt des vingt quatre espèces locales de poissons se sont éteintes. Les dépôts de sel sur les fonds asséchées de la mer ont été dispersées par le vent dans toute la région : les rendements agricoles ont diminué ; les pâturages sont devenues stériles dans un rayon de 200 kilomètres autour de la mer ; les structures en béton et en acier (dont les pylônes électriques) se sont corrodés ; et la population a souffert de fortes irritations oculaires.
Les nappes phréatiques aux alentour ont baissé de 5 à 15 mètres et les eaux souterraines sont devenues salées.
Dans les zones irriguées, en revanche, le niveau des eaux souterraines s’est élevé de plusieurs mètres provoquant une salinisation des sols agricoles, donc une désertification des terres. La végétation des forêts alluviales, des marécages et des pâturages s’est, en conséquence, modifiée. En 1990, prés de la moitié des espèces mammifères et trois quarts des espèces d’oiseaux présents dans la région en 1960 avaient disparu.
La population humaine souffre de problèmes de santé du fait de la densité en sable et en sel de l’air, mais aussi de la contamination des sols et de l’eau par des pesticides qui avaient été appliqués en grande quantité sur les champs de coton (54 Kilo par hectare) pour lutter contre les incestes nuisibles qui prospèrent sous ces climats chaud. La concentration en pesticides dans les sols est, en moyenne, de deux à sept fois supérieures au niveau acceptable, avec localement des concentrations quarante-six fois supérieures à ce niveau. Ces polluants se retrouvent dans les sources d’eau.
La situation est telle que les autorités du Kazakhstan découragent l’allaitement maternel, étant donné les doses élevées de résidus de pesticides trouvés dans le lait maternel. La mortalité infantile dans la région est parmi les plus élevées du monde. Restaurer la mer d’Aral est peut être une tâche impossible : ce qui fut jadis une vaste mer bleue est, sans doute, pour longtemps un désert de sel, abandonné par la plupart des formes de vie.
Ce désastre écologique est avant tout le résultat de politiques de développement économique inappropriées, mais aussi de l’arrogance d’une élite politique, confortée par la complicité d’ingénieurs et de scientifiques. Dans les années cinquante, certains dirigeants locaux déclaraient que l’assèchement de la mer d’Aral était le prix à payer pour développer la région et que la culture du coton viendrait compenser la disparition des industries côtières. Les budgets alloués aux multiples administrations en charge de la Région et aux exploitations agricoles collectives le furent non pas en fonction de la production agricole atteinte mais en fonction des infrastructures et des opérations technologique réalisés : Les planificateurs et les acteurs n’avaient donc aucun intérêt à limiter le gaspillage .
Certes l’objectif qui était de rendre l’union soviétique autosuffisante en coton, fut grandement dépassé puisque le pays devint le deuxième exportateur mondial de coton .